Rapport d’Activité 2012





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Institut Pasteur d’Algérie Rapport d’Activité 2012






Institut Pasteur d’Algérie

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Rapport d’Activité 2012

Route du Petit Staouéli, Dély-Brahim, Alger – Algérie
Site web/ www.pasteur.dz





Sommaire

  • Introduction ……………………………………………….………………………………………...01



  • Tableau récapitulatif des travaux scientifiques……………………………………….02



  • Activités de recherche…………………………………………………………………………….03



  • Projets de recherche…………………………………………..……….…………………….03



  • Publications……………………………………………………………………………………….32



  • Communications………………………………………………………………………………..34




  • Communications orales ……………………………………………………………34




  • Communications affichées……………………………………………………….36



  • Activité de Production……………………………………………………………………………43



  • Activité de Formation………………………………………………………………………….…44




Introduction


L’année 2012 a été caractérisée par de nombreux évènements en particulier au niveau organisationnel par la mise en place d’une stratégie visant à donner une nouvelle dynamique aux différentes activités de l’Institut, d’autant que l’Institut Pasteur d’Algérie, Etablissement Public à caractère Industriel et Commercial, a pour objet l’identification des maladies infectieuses, parasitaires et immunitaires ainsi que le développement et la promotion de méthodes et outils nécessaires à la prévention, au diagnostic et au traitement de ces maladies dans le cadre d’une activité de recherche, de production, de prestation et de distribution de produits biologiques.



Activité

Domaine



Projets de Recherche


Publications


Communications


Bactériologie Médicale



06



05


06


Immunologie



11


11


39


Mycobactérie et Tuberculose



07


01


09


Parasitologie et Mycologie



03


01


09

Eco-épidémiologie parasitaire et génétique des populations


04


06


10


Virologie



O4


03


04


Production



00


OO


02


Total



35


27


78


Tableau récapitulatif des travaux scientifiques
de l’Institut Pasteur d’Algérie pour l’année 2012



ACTIVITES DE RECHERCHE
1/ Projets de recherche

Bactériologie Médicale :

Projet ACIP sur la diphtérie (RIIPDIPHT)

En collaboration avec l’Institut Pasteur Paris.
Résumé du projet :
Le projet actuel met l'accent sur le renforcement de la surveillance d'une maladie évitable, la diphtérie, dans les pays où la maladie est contrôlée (Algérie, France, Roumanie) et un pays où la maladie est endémique (Russie).

Le projet vise à comparer l'épidémiologie concernant cette maladie en fonction de la politique vaccinale recommandée dans les différentes régions du monde, mais aussi d'analyser les conséquences de plus de 50 années de vaccination généralisée des enfants ainsi que des adultes en matière d'immunité de la population.
Les quatre régions ont été choisies en raison:


  • D’une couverture vaccinale différente au cours des 50 dernières années

  • La maladie est contrôlée dans trois pays et pas dans l'autre

  • Les souches circulantes ne sont pas similaires dans les quatre régions

  • Les espèces de corynébactéries en circulation ne sont pas les mêmes. En fait, dans les pays où la couverture vaccinale est importante comme la France, la diphtérie due à C. diphtheriae est contrôlée, mais d'une part, des cas importés sont observés en raison de la circulation des populations humaines et le tourisme dans les régions endémiques et d'autre part également due à l'augmentation de l'âge de la population humaine.


Certains changements épidémiologiques sont observés tels que l'isolement de C. ulcerans toxinogène ou C. pseudotuberculosis.

Dans les pays où la couverture vaccinale est faible, certains changements dans les caractéristiques de C. diphtheriae sont observés au niveau biochimique, la production de toxines, la résistance aux antibiotiques ....

Par conséquent, il est urgent d’enquêter sur la microbiologie de l'agent de la maladie, en particulier dans la dernière décennie, de comparer les cas épidémiques et ceux endémiques et d'analyser l'immunité de la population humaine.

Objectifs du projet :


  • Transférer l’identification phénotypique et moléculaire des corynébactéries du complexe diphtheriae et la détection du gène tox codant la toxine diphtérique développées à Paris aux différents laboratoires participant au projet




  • Comparer les différentes techniques de sensibilité aux antibiotiques de Corynebacterium diphtheriae et déterminer le support de la résistance aux antibiotiques par le laboratoire Algérien.




  • Transférer la technique moléculaire de MLST (Multi-Locus-Sequence-Typing) développée à Paris aux différents laboratoires




  • Développer la technique sérologique permettant de détecter et de déterminer l’affinité des anticorps à la toxine diphtérique par le laboratoire Russe dans le but de transférer la technique aux différents laboratoires


Actions prévues et réalisées :


  • Identification du biovar des bactéries avec des réactifs validés

  • Détection de l'expression de la toxine avec des réactifs validés Comparer les techniques de sensibilité aux antibiotiques de C. diphtheriae

  • Analyse de support génétique de la résistance

  • Identification de C. diphtheriae, C. ulcerans et C. pseudotuberculosis et détection du gène tox en utilisant la PCR classique et la PCR en temps réel à partir d’échantillons cliniques et des cultures

  • Mise en œuvre de la technique ELISA pour étudier le statut immunitaire de la population



Résultats attendus :


  • La surveillance de la diphtérie en utilisant des techniques de diagnostic plus performantes et plus uniformes au niveau du RIIP




  • Transfert de technologie vers les laboratoires de référence pour la diphtérie et à partir de ces laboratoires vers les laboratoires dans leurs pays



  • L'élaboration de certaines propositions visant à améliorer la surveillance nationale et le système de contrôle y compris les programmes de vaccination




  • Publications dans des revues internationales



Etat d’avancement :




  • Etude comparative des techniques de sensibilité aux antibiotiques de C. diphtheriae et analyse des résultats (en cours de publication)




  • Détermination du support génétique de résistance aux antibiotiques (en cours de mise au point)




  • Mise au point des techniques moléculaires d’identification des Corynébactéries du complexe diphtheriae (C. diphtheriae, C. ulcerans et C. pseudotuberculosis) et de détection du gène tox




  • Mise au point de la technique moléculaire de MLST




  • Etude génotypique des souches de C. diphtheriae par MLST (en cours de réalisation)




  • Dosage des anticorps anti-toxines diphtériques par technique de séroneutralisation (en cours de mise au point)


Collaborateurs : Nicole GUISO, Centre National de Référence des Corynébactéries du complexe diphtheriae, Institut Pasteur de paris, France.
Perspectives :


  • Etude du support génétique de la résistance de C. diphtheriae




  • Détermination des anticorps anti-toxine diphtérique par technique de séroneutralisation




  • Publication dans des revues internationales des résultats d’épidémiologie moléculaire


Haemophilus influenzae : Approche moléculaire et phénotypique de la résistance à l’ampicilline et impacte de 04 années de vaccination anti Hib. :
Résumé du Projet :
Ce projet portera sur l’étude des souches d’Haemophilus influenzae isolées en Algérie ; nous détaillerons l’étude de la sensibilité aux antibiotiques particulièrement les β-lactamines avec un focus sur les mécanismes de résistance à l’ampicilline, en précisant les différents supports de cette résistance, avec ciblage des gènes responsables de cette résistance à savoir le gène tem, rob et le gène fts suivi de séquençage. Nous étudierons la relation génétique de ces gènes par la technique PFGE. L’étude de la réponse immunitaire chez une population d’enfants vaccinés choisie par dosage d’anticorps présents dans le sang juste après la fin de vaccination c’est à dire après le dernier rappel et un autre dosage deux semaines plus tard pour pouvoir comparer l’évolution de la réponse immunitaire. Enfin un bref exposé des résultats épidémiologique sera fait.
Objectifs du Projet :
- Standardiser le diagnostic au laboratoire d’Haemophilus influenzae
- Caractériser les différents phénotypes de résistance à l’ampicilline rencontrés chez Haemophilus influenzae en Algérie
- Etudier les différents mécanismes de résistance à l’ampicilline

- Etudier la parenté génétique entre les souches résistantes

- Estimer l’immunisation chez les sujets vaccinés

- Apprendre les nouvelles techniques moléculaire avec les équipes du nord

- Créer une base de données concernant les types, les différents clones et gènes existants chez nous.
Technique :
L’étude comprendra 300 souches qui seront choisies dans la collection bactérienne du laboratoire. L’étude de l’impact de la vaccination sur le portage d’Haemophilus influenzae chez les enfants vaccinés sera effectuée à partir des prélèvements sanguins faits chez des enfants vaccinés, l’autre partie concernera les souches isolées chez des malades avant la vaccination. Ces souches vont subir les examens suivants :
Actions prévues et réalisées :
Actions prévues :
Identification biochimique: les souches seront identifiées à l’aide des galeries Api NH.
Tests de sensibilité aux antibiotiques :

Un antibiogramme classique et une détermination des concentrations minimales des souches aux β-lactamines seront réalisés selon les normes du CLSI.
Recherche des souches BLNAR : cette recherche sera faite selon les recommandations de l’EUCAST.
Recherche des souches productrices de ß-lactamase (tests chromogéniques).
Identification moléculaire des gènes:

Toute souche résistante à l’ampicilline sera sujette à une amplification d’ADN par PCR classique pour la recherche des gènes tem I, RobI et fst I.
Etude de la parenté génétique des souches (Les Pulsotypes): technique PFGE

Séquençage des gènes tem I, RobI et fst I : (ABI système)

Partie sérologie: (Technique ELISA selon le centre de référence HI)
Partie épidémiologique : Une analyse épidémiologique sera réalisée afin d’exploiter les résultats
Nous avons prévu la réalisation du projet en trois étapes
1ère partie :

- Récolte des souches avec réalisation des tests d’identification biochimique et des tests de sensibilité aux antibiotiques.

- Sélection des souches résistantes à l‘ampicilline.

- Récolte des sérums (deux enquêtes seront réalisées pour la collecte des sérums chez une population d’enfants vaccinés et ayant complété tous leur rappels.

- Formation sur les techniques de dosage des anticorps (sérologie) dans un laboratoire de référence avec notre partenaire du nord.
2ème partie :

- Réalisation des tests génétiques (recherche des gènes de résistance à l’ampicilline par PCR).

- Séquençage des produits PCR

- Interprétation des résultats de la partie bactériologie

- Publication des résultats de bactériologie.

- Formation sur la technique et sur l’analyse des génomes Laboratoire de microbiologie, Hôpitaux de Toulouse. France au centre de référence de Heamophilus influenzae avec notre partenaire Pr Henri DABERNAT.
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